Mycobacterium tuberculosis heeft een ondoordringbare celwand. Om deze celwand te functionaliseren, beschikt de bacterie over vijf verschillende eiwitsecretiesystemen, ook wel ESX-systemen genoemd. Sommige van deze systemen zijn essentieel voor de groei of virulentie van de bacterie. Van ESX-4 weten we echter nog maar weinig.

Onlangs hebben we ontdekt dat de aanmaak van dit systeem nauwkeurig wordt gereguleerd door het peptide WerA en de regulator WerB. Het uitschakelen van deze eiwitten leidt tot sterke activatie van ESX-4 en de productie van verschillende mogelijke toxines. Deze activatie is schadelijk voor de bacterie zelf.

In dit project onderzoek je de functie van deze mogelijke toxines. Daarnaast ontrafel je welk signaal en welk mechanisme verantwoordelijk zijn voor de inductie van ESX-4. Uiteindelijk willen we dit systeem ontregelen, waardoor de tuberculosebacterie zichzelf mogelijk vergiftigt.

We voeren dit onderzoek uit in samenwerking met de Radboud Universiteit, waar ook een PhD-kandidaat voor dit project wordt aangesteld. Het project wordt gefinancierd door NWO.

Je doet laboratoriumonderzoek naar de werking en regulatie van het ESX-4-systeem in pathogene mycobacteriën. Je werkzaamheden bestaan onder andere uit:

• Het uitvoeren van experimenten met bacteriële culturen.
• Het uitvoeren van genetische en moleculaire analyses.
• Het werken met microscopie.
• Het analyseren van data, waaronder proteomics- en transcriptomicsdata.
• Het bestuderen van eiwitten, waaronder mogelijke toxines.

Veel experimenten voer je uit met het modelorganisme Mycobacterium marinum. Daarnaast onderzoek je ook de tuberculosebacterie zelf, een BSL-3-organisme.

Voor deze PhD-positie zoeken we een onderzoeker met een sterke interesse in microbiologisch en biomoleculair onderzoek. Je neemt daarnaast het volgende mee:

• Een afgeronde masteropleiding in microbiologie, biomedische of biomoleculaire wetenschappen, biochemie of een vergelijkbare richting.
• Ervaring met moleculair-biologische en microbiologische technieken, zoals genetische manipulatie, eiwit- en DNA/RNA-analyse en het werken met bacteriële culturen.
• Een analytisch en zelfstandig werkvermogen. Je kunt complexe biologische vraagstukken systematisch onderzoeken en onderzoeksresultaten kritisch interpreteren.
• Goede communicatieve en samenwerkingsvaardigheden. Je beheerst de Nederlandse taal goed, zowel mondeling als schriftelijk, omdat je nauw samenwerkt met onderzoekers binnen en buiten Amsterdam UMC.
• Een sterke motivatie voor wetenschappelijk onderzoek en de bereidheid om nieuwe technieken en vaardigheden te leren.

Ervaring met M. tuberculosis of werken onder BSL-3-condities is geen vereiste. Wel verwachten we dat je bereid bent om deze vaardigheden te leren.