In dit project onderzoek je hoe schema-gedreven benaderingen de interoperabiliteit, vindbaarheid en herbruikbaarheid van biomedische databronnen kunnen verbeteren. Veel biomedische databases bevatten waardevolle informatie, maar hun schema’s, metadata, toegangsmethoden en documentatie zijn vaak heterogeen, wat integratie en hergebruik uitdagend maakt.

Je richt je op het analyseren en harmoniseren van databaseschema’s, het verrijken van metadata en het afstemmen van biomedische databronnen op relevante standaarden, ontologieën en communitypraktijken. Het project zal zich in eerste instantie richten op prioritaire biomedische databases binnen de domeinen Zeldzame Ziekten en Proteomics.

Het onderzoek draagt bij aan een transparantere en reproduceerbare integratie van biomedische databases door schema-informatie te koppelen aan FAIR-metadata, semantische annotaties en communityplatforms zoals BioDataFuse, bio.tools en Galaxy. Met dit werk help je het FAIR- en open-science-ecosysteem voor biomedisch onderzoek verder te versterken.

Wij bieden een tweejarige postdoctorale positie binnen een nieuw open-science-infrastructuurproject met directe relevantie voor de biomedische onderzoeksgemeenschap. Je krijgt de kans om bij te dragen aan praktische FAIR-dataoplossingen die de interoperabiliteit, vindbaarheid en herbruikbaarheid van biomedische databases ondersteunen.

Als postdoc op het gebied van FAIR interoperabiliteit van biomedische data speel je een centrale rol in het ontwikkelen en implementeren van benaderingen voor schema-analyse, schemaharmonisatie en metadata-integratie over verschillende biomedische databases heen. Je werkt in een dynamische en collaboratieve omgeving op het snijvlak van bio-informatica, FAIR data stewardship, semantische data-integratie en ontwikkeling van onderzoeksinfrastructuur.

Je belangrijkste verantwoordelijkheden omvatten:

• Je helpt bij het identificeren en analyseren van de schema’s van biomedische databases, met name binnen de domeinen Zeldzame Ziekten en Proteomics, waarbij je hun structuur, metadata en toegangsmethoden onderzoekt ter ondersteuning van interoperabiliteit en hergebruik;
• Je draagt bij aan het koppelen van databaseschema’s aan gevestigde standaarden en ontologieën, waaronder Bioschemas, EDAM, OBO Foundry-bronnen en gerelateerde semantische technologieën;
• Je helpt bij het genereren van gestructureerde schemabeschrijvingen en verrijkte FAIR-metadata om de vindbaarheid, toegankelijkheid en bruikbaarheid van biomedische databases te verbeteren;
• Je draagt bij aan de integratie van schema-informatie in platforms zoals BioDataFuse, bio.tools en Galaxy, waarmee beter herbruikbare en interoperabele workflows voor data-analyse mogelijk worden gemaakt;
• Je helpt ervoor te zorgen dat projectresultaten voldoen aan FAIR- en open-science-principes en draagt bij aan documentatie, verspreiding en adoptie binnen de bredere onderzoeksgemeenschap;
• Je werkt nauw samen met projectpartners, databasebeheerders en gebruikersgemeenschappen, waaronder stakeholders binnen ELIXIR en nationale infrastructuurinitiatieven, om projectresultaten af te stemmen op de behoeften van de community;
• Je draagt bij aan wetenschappelijke publicaties en presentaties op nationale en internationale evenementen om de resultaten en impact van het project te verspreiden.

Vereiste kwalificaties voor deze rol zijn:

• een PhD in bio-informatica, computationele biologie, data science, biomedische informatica of een verwante discipline;
• ervaring met integratie van biomedische data, datamodellering of metadatastandaarden;
• kennis van FAIR-dataprincipes en open-sciencepraktijken;
• sterke organisatorische, communicatieve en interpersoonlijke vaardigheden;
• uitstekende schriftelijke en mondelinge communicatieve vaardigheden in het Engels;
• vermogen om zelfstandig te werken én binnen interdisciplinaire en multi-institutionele samenwerkingen;
• grote nauwkeurigheid en toewijding aan het leveren van werk van hoge kwaliteit.

Gewenste ervaring met:

• semantic web-technologieën, ontologieën, RDF of schematalen zoals ShEx;
• metadatastandaarden zoals Bioschemas, EDAM of gerelateerde life-science-standaarden;
• biomedische databases, knowledge graphs of schema-gedreven data-integratie;
• platforms zoals bio.tools, Galaxy, WorkflowHub of vergelijkbare communitybronnen.