Het project waar je aan gaat werken heet GO-CAM-modellering van synaptische functies in SynGO.

Synapsen zijn de rekeneenheden van de hersenen en synaptische dysregulatie staat centraal bij veel hersenaandoeningen ('synaptopathieën'), waaronder autisme, verstandelijke beperking en talloze zeldzame hersenaandoeningen. SynGO is een wereldwijd consortium van vooraanstaande laboratoria die synaptische functies hebben geannoteerd met behulp van een nieuw Gene Ontology-framework dat nu de standaard in het veld is. Het consortium heeft een kennisbank van synaptische genen gegenereerd, opgebouwd in samenwerking met het Broad Institute in Boston en de Simons Foundation in New York.

Het huidige project beoogt de informatie uit twee eerdere projecten (SynGO1-2) te benutten om moleculaire padmodellen ('causale modellen') te bouwen voor synaptische signaaltransductiepaden met behulp van gevestigde modelleringstools, zoals GO-CAM's.

Van de wetenschapper in dit project wordt verwacht dat hij nauw samenwerkt met experts wereldwijd die paden hebben gedefinieerd op basis van eerder experimenteel werk, en dat hij aanzienlijke tijd in de laboratoria van deze experts doorbrengt om deze modellen te genereren. De in dit project ontwikkelde modellen vormen de basis voor nieuwe hypothesen die door SynGO-medewerkers met een experimentele achtergrond zullen worden getest in natlab-experimenten met levende neuronen en hersenweefsel. Deze experimenten zullen naar verwachting in een iteratieve cyclus worden geïntegreerd met in-silico-benaderingen. Van de wetenschapper in dit project wordt verwacht dat hij verbindingen zoekt met andere padmodelleringsprojecten, bijvoorbeeld binnen de wereldwijde GO-CAM-gemeenschap, en gebruikmaakt van eerder padmodelleringswerk.

Dit project wordt ondersteund door de Simons Foundation.

In deze rol:

• ontwikkel en implementeer je genfunctie- en interactienetwerken in padmodellen, waarschijnlijk in GO-CAM;
• vertaal je synaptische biologische paden naar causale modellen in samenwerking met synaptische experts;
• werk je samen met interdisciplinaire teams wereldwijd om diverse experimentele gegevens te integreren;
• voeg je modellen toe aan de SynGO-kennisbank en begeleid onderzoekers in het veld bij het gebruik van de modellen;
• publiceer je causale modellen in de beste peer-reviewed tijdschriften en verstrek voortgangsrapportages aan financieringsbronnen.

Je bent een wetenschapper met de volgende kwalificaties:

• gepromoveerd in de moleculaire (neuro)biologie, affiniteit met datamodellering;
• bij voorkeur minimaal 5 jaar postdoctorale ervaring;
• bekwaamheid in programmeertalen (bijv. Python, R) en ervaring met databases (bijv. SQL);
• eerdere ervaring met Gene Ontology-annotatie, GO-CAM's en connecties met GO-CAM-community's is een pré;
• sterke motivatie om een ​​carrière in de wetenschap na te streven;
• uitstekende beheersing van de Engelse taal.