Werken bij Amsterdam UMC

PhD onderzoeker immuno-informatica bij inflammatoire darmziekten

We zijn op zoek naar een enthousiaste promovendus die wil werken aan het personaliseren van de behandeling van inflammatoire darmziekten.
PhD onderzoeker immuno-informatica bij inflammatoire darmziekten
Vragen?
Solliciteer direct
  • Aantal uur: 36 uur per week
  • Werklocatie: Beide locaties Amsterdam UMC
  • Contractvorm: bepaalde tijd
  • Salaris: € 3.017 - € 3.824
  • Reageer tot en met: 31 mei 2024
Solliciteer direct Reageer binnen 4 dag(en)
Wat ga je onderzoeken?

Inflammatoire darmziekten ("Inflammatory Bowel Diseases" (IBD)) betreffen een groep ongeneeslijke, chronische ziekten van het maag-darmkanaal. De oorzaak is onbekend echter wordt gedacht dat de etiologie een verstoorde wisselwerking betreft tussen de omgeving en het immuunsysteem bij genetisch vatbare individuen. De behandeling omvat doorgaans het onderdrukken van ontstekingen, met als doel een endoscopische remissie te induceren of te handhaven. Momenteel wordt dit bereikt door middel van monoklonale antilichamen of kleine moleculen gericht op ontstekingsmediatoren zoals TNF (infliximab en adalimumab), IL12/23p40 (ustekinumab), en het JAK-STAT-pad (tofacitinib en upadacitinib), of moleculen die betrokken zijn bij de rekrutering van immuuncellen naar het maag-darmkanaal, zoals integrine α4β7 (vedolizumab).

Ondanks de bewezen doeltreffendheid van bovengenoemde biologische behandelingen, wordt een aanhoudende endoscopische remissie waargenomen bij minder dan een derde van de patiënten na één jaar behandeling. Daarom is een gepersonaliseerde behandeling zeer wenselijk. Eerder hebben wij verschillende epigenetische biomarkers geïdentificeerd in perifeer bloed die in staat zijn om respons prognostisch te voorspellen. Dit project wordt momenteel voortgezet in het METHYLOMIC consortium, een grootschalig samenwerkingsverband tussen meerdere medisch centra verspreid over Europa gefinancieerd door een HORIZON Research and Innovation Actions fonds.

Wij zijn op zoek naar een zeer gemotiveerde toegepaste bioinformaticus die bereid is om de bioinformatica en data-analytische kant van dit project te leiden in het begrijpen van de respons op therapie. Deze positie wordt gefinancierd door de eerder genoemde METHYLOMIC subsidie in combinatie met een lokale institutionele subsidie.

Vragen over deze functie?
Chey Edwards Chey Edwards +31621487245 Recruitment adviseur
Wat ga je doen?

Het uiteindelijke doel is om de behandeling van patiënten met CD te personaliseren om er zo voor te zorgen dat patiënten de meest optimale zorg krijgen. Jouw belangrijkste focus zal liggen op het analyseren en interpreteren van bestaande en nieuwe omics-datasets van IBD-patiënten om inzichten te verschaffen die leiden tot vervolgonderzoeken. Je zult uitgebreid werken met data verkregen uit single-cell technologieën. Daarbij is jouw taak het analyseren van dergelijke datasets met behulp van state-of-the-art machine learning methodes om te begrijpen hoe bepaalde epigenetische markers en specifieke cellulaire subsets verbonden zijn met ziekteprogressie en therapierespons.

Wat neem je mee?
  • Je hebt een masterdiploma in Biomedische Wetenschappen, Infection & Immunity, of een ander vak binnen de levenswetenschappen, met een sterke nadruk op toegepaste data-analyse en/of machine learning;
  • Je hebt ervaring met het uitvoeren (in vitro) en analyseren (in silico) van omics-analyses, zoals RNA-sequencing, DNA-methylatie microarrays. Eerdere blootstelling aan single-cell omics-technologieën, zoals single-cell RNA-sequencing, is gewenst;
  • Bekwaamheid in R, Python en bash scripting, samen met bekendheid met werken in een Linux-omgeving met schedulers, wordt verwacht;
  • Ervaring met workflow-management systemen zoals Snakemake en/of Nextflow is een pre;
  • Goede schriftelijke en mondelinge communicatievaardigheden in het Engels zijn essentieel om te communiceren in ons internationale team;
  • Je bent intrinsiek gedreven, wetenschappelijk nieuwsgierig en bedreven in samenwerken binnen een team.
Wat bieden we jou?
  • Een uitstekende kans om je onderzoekscarrière een kickstart te geven.  
  • De kans om te werken in een internationaal erkend onderzoeksinstituut, dat baanbrekende onderzoeksmogelijkheden biedt op het gebied van IBD.
  • Een contract voor 4 jaar.
  • Inschaling in salarisschaal OIO: € 3.017 tot € 3.824 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring).
  • Naast een goed basissalaris krijg je onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Bereken hier jouw netto salaris.
  • Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.
  • Uitstekende bereikbaarheid met het OV en vergoeding van een groot deel van je reiskosten. Daarnaast hebben we voldoende parkeerplaatsen voor de deur én een goede fietsregeling.
Bekijk alle arbeidsvoorwaarden bij AMR
Waar ga je werken?

Op locatie AMC is AMC Medical Research (AMR) gevestigd. AMR ondersteunt wetenschappelijk onderzoek in zonder winstoogmerk. Hiermee voorziet AMR onderzoekers in alles wat ze nodig hebben om te kunnen excelleren. Zo biedt AMR principal investigators (PI's) en projectleiders begeleiding op het gebied van projectbeheer, finance en human resources. Bij medisch-wetenschappelijke onderzoeksprojecten wordt daarnaast ook ondersteuning op juridisch vlak geboden. Bekijk de video hieronder voor meer informatie.

Start je nieuwe baan bij AMR! 

De cultuur is open en de samenwerking over het algemeen laagdrempelig. Bovendien streven we naar gelijke kansen voor iedereen. Dat betekent dat er ruimte is voor een ieders cultuur, afkomst, ideeën en creativiteit. Bekijk onze aanpak omtrent diversiteit en inclusie.
Wat kun je verwachten?
Een baan in onze prachtige hoofdstad
Werken bij dé favoriete werkgever in de zorg (intermediair 2021)
Alle collega's hebben hetzelfde doel: bijdragen aan de zorg voor morgen
Er is ruimte voor ontplooiing, verdieping en verbreding van je kennis
Een actieve personeelsvereniging die leuke activiteiten organiseert en korting op producten en diensten voor jou regelt
Amsterdam UMC innoveert continu, dat vraagt om een flexibele instelling van iedereen
Twee grote locaties, goed voor je stappenteller!
Je hebt meer dan 19000 collega’s die je niet allemaal persoonlijk zult leren kennen
Het verhaal van Amsterdam UMC Bekijk de video’s en leer meer over onze organisatie
Amsterdam UMC
Tulp
Verpleegkundige visie
Laten we kennis maken

Gedurende de publicatietermijn nemen wij de sollicitaties doorlopend in behandeling. Indien er een geschikte kandidaat gevonden is zal de vacature vroegtijdig gesloten worden.

De eerste gesprekken staan gepland in midden juni. Wij vragen je hier alvast rekening mee te houden.

Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie kun je terecht bij Andrew Li Yim, via a.y.liyim@amsterdamumc.nl of Wouter de Jonge, via w.j.dejonge@amsterdamumc.nl.

Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je terecht bij Chey Edwards, Recruitment adviseur, via c.i.edwards@amsterdamumc.nl of 06-21487245

Een referentiecheck en screening kunnen onderdeel zijn van de procedure. Kom je bij ons in dienst, dan vragen we voor een aantal functiegroepen standaard een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag). Lees hier wat dit inhoudt en of het voor jouw functie van toepassing is.

Interne kandidaten krijgen, bij gelijke geschiktheid, voorrang op externe kandidaten.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.